1. Tổ chức bộ máy của Trung tâm Tin học gồm có:
a) Văn phòng;
b) Phòng Quản lý hệ thống và an toàn thông tin;
c) Phòng Phát triển ứng dụng.
2. Lãnh đạo Trung tâm Tin học gồm có: Giám đốc và các Phó Giám đốc. Văn phòng có Chánh Văn phòng, các Phó Chánh Văn phòng, các viên chức và người lao động; phòng có Trưởng phòng, các Phó trưởng phòng, các viên chức và người lao động.
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức công chức, viên chức lãnh đạo của Trung tâm Tin học thực hiện theo Quy định về phân cấp quản lý cán bộ, công chức, viên chức và người lao động của Kiểm toán nhà nước.
3. Nhiệm vụ cụ thể của từng phòng do Giám đốc Trung tâm Tin học quy định sau khi Tổng Kiểm toán nhà nước phê duyệt.
4. Việc thành lập, sáp nhập, chia tách, giải thể các đơn vị cấp phòng thuộc Trung tâm Tin học do Tổng Kiểm toán nhà nước quyết định theo đề nghị của Giám đốc Trung tâm Tin học và Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ.

(Trích theo Quyết định số  1815/QĐ-KTNN ngày 19/12/2017 của Tổng Kiểm toán Nhà nước)